De propriedade da Marinha do Brasil, o Forte Santa Bárbara foi cedido à Prefeitura de Florianópolis em julho de 2000. Intermediada junto ao Comando do 5º Distrito Naval, a cessão do imóvel envolveu como contrapartida a construção da nova sede da Capitania dos Portos, que até 1998 estava instalada no local e foi transferida para a região continental.
Restaurado sob orientação da 11ª Delegacia Regional do Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan), o imóvel abriga atualmente a estrutura administrativa da FCFFC . Também sedia exposições, reuniões e espetáculos, além de servir de base para os ensaios semanais do projeto Orquestra Escola.

Sistema de defesa da Ilha
Erguido em meados do século 18 para compor o conjunto defensivo do litoral sul brasileiro, o Forte Santa Bárbara tinha a finalidade de proteger a Vila de Nossa Senhora do Desterro, evitando a passagem de inimigos pelo canal do Estreito. Apesar da escassez de registros da época, é provável que a edificação tenha sido projetada por volta de 1760 para conter os invasores, caso conseguissem ultrapassar a Fortaleza de Nossa Senhora da Conceição (de Araçatuba), ao sul da Ilha.
Construído sobre uma ilhota rochosa, o forte tinha a aparência de um tradicional sobrado luso-brasileiro, feito em alvenaria de pedras de um só pavimento, num único bloco, com cobertura em quatro águas. A edificação ligava-se à Ilha por um passadiço construído sobre arcos de alvenaria, e abrigava os quartéis da tropa, o armazém e a casa da pólvora.
Citado por viajantes estrangeiros que estiveram na Ilha, como Jean François de La Pérouse (1797), Krusenstern (1803), e Debret (1822), o Forte Santa Bárbara localizava-se sobre um terrapleno, guarnecido por uma muralha de cerca de 70 centímetros de espessura na parte superior e altura de quase cinco metros. Possuía 12 canhões de ferro e um de bronze.
Múltiplas intervenções
Em 1871, o forte encontrava-se em ruínas, após contínuas descaracterizações. O antigo quartel da tropa foi demolido e um galpão de dois pavimentos, para alojamento de colonos, foi acrescentado. O prédio foi usado como hospedaria para doentes em quarentena e como hospital militar. Anos depois, foram fechadas as canhoneiras, construído um parapeito na muralha, pavimentado o terrapleno e instaladas floreiras.
Após outra reforma, em 1873, o imóvel sediou o governo provisório dos revolucionários federalistas. Em 1874, foi remodelado para sediar a Capitania dos Portos das Províncias do Rio Grande de São Pedro do Sul e de Santa Catarina, instalada em 1875. Entre 1940 e 41, o prédio foi mais uma vez reformado, sofrendo novas intervenções na década seguinte, com acréscimo de compartimentos.
Nessa época, os primeiros aterros da cidade já envolviam a pequena ilhota, ligando-a definitivamente à Ilha de Santa Catarina. As linhas ecléticas que adornavam as fachadas da edificação foram abandonadas no início do século 20, e uma nova reforma deu ao imóvel uma fachada geométrica, típica dos anos 1930, aspectos arquitetônicos que ainda exibe.
Hoje, apesar de descaracterizado, o forte mantém a muralha e os arcos de alvenaria ainda visíveis, mesmo depois do aterramento feito na área da Baía Sul, no início da década de 1970. Em 1984, foi tombado como Patrimônio Histórico e Artístico Nacional.
Anos mais tarde, em função do aterro que impediu o acesso direto ao mar, a Marinha do Brasil, por meio do Comando do 5º Distrito Naval, iniciou tratativas com o Governo do Estado para a construção de um novo prédio para a Capitania dos Portos, em Florianópolis, na área continental. Porém, a mudança para as novas instalações somente aconteceu em 1998, período em que o Forte Santa Bárbara foi restaurado e cedido à Prefeitura de Florianópolis, conforme convênio firmado em 2000 entre o município e a Marinha do Brasil.
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