Florianópolis tem o índice mais baixo entre as capitais, e quase a metade da média sugerida pela OMS
A taxa de mortalidade infantil no primeiro ano de vida em Florianópolis caiu pelo segundo ano consecutivo, caindo de 7,1 para 5,34 por mil nascidos vivos, em 2016. O índice está entre os mais baixos entre as capitais brasileiras e está ainda mais distante da taxa recomendada pela Organização Mundial da Saúde (OMS), que é de 10,0 por mil nascidos vivos. Os melhores países europeus nesse quesito têm taxas em torno de 5 a 6.
Para avaliação da mortalidade infantil, é necessária a investigação oportuna destes óbitos prioritários. A importância destas investigações é tão estratégica seus indicadores são usados pelo Ministério da Saúde como base para avaliar a qualidade dos serviços do município.
Em Florianópolis, a tendência de queda deste índice iniciou-se em 2013, quando a Capital atingiu marca histórica: apenas 5,2 por mil nascidos vivos, uma redução de 46% em relação com 2012. Os índices são resultado do fortalecimento da Atenção Primária em Florianópolis, atingindo 100% de cobertura populacional da Estratégia de Saúde da Família e reforçando as ações para a saúde da criança e da gestante.