O Departamento de Unidades de Conservação é responsável pela Implantação, implementação, gestão e administração das atividades relacionadas às Unidades de Conservação (UC) do município, que atualmente são 9 UCs Municipais (18,71% do território), além de contribuir com a gestão de outras áreas protegidas. Desenvolve  estudos para adequação das UCs ao Sistema Nacional de Unidade de Conservação da Natureza (SNUC), gestão dos conselhos gestores das UCs e criação de novas UCs, manutenção e sinalização de trilhas e caminhos, manutenção das sedes de visitação, instalação de placas informativas e educativas, controle e auxílio na pesquisa científica nas UCs, execução de Projetos de Recuperação de Áreas Degradadas (PRADs), trabalho técnico de instrução de processos, organização e controle do comércio de temporada, execução de projetos temáticos, entre outras atividades relacionadas à conservação e proteção do Bioma Mata Atlântica no município.